كنظام إلكتروني أو كهروميكانيكي، يتم زرع واجهة بين الدماغ والحاسوب في الدماغ البشري، مما قد يعرض المريض لخطر الإصابة الجراحية. على سبيل المثال، قد تؤدي زراعة الرقائق أو الأقطاب الكهربائية إلى تلف الأنسجة المجاورة لموقع الزرع مما يؤدي إلى رفض المريض لها. بل قد يسبب نزيفًا أو تفاعلات التهابية. إن تأثير التيار في النظام وخصائص البطارية أو عمرها قد يشكل أيضًا خطرًا على الشخص الذي يخضع لعملية جراحية. علاوة على ذلك، يمكن أن تتسبب حالات الشذوذ في النظام أيضًا في حدوث مشكلات أمنية. تؤثر إشارات EEG غير المستقرة الناتجة عن فشل الأجهزة سلبًا على نشاط الدماغ. يمكن أن تؤدي التفسيرات الخاطئة والاضطرابات غير المتوقعة أيضًا إلى مخاطر أمنية