主要缺点:回流活性污泥(外回流)直接回流进入厌氧池,其中夹带的大量硝酸盐氮回流至厌氧池,破坏了厌氧池的厌氧状态,从而影响系统的除磷效果。大量的回流(内回流量一般为进水量的200~300%,外回流量一般为100%)稀释了整个系统内的反应物浓度,使得系统的反应速率降低,也就需要更大的生化池容积。大量的内回流增加了系统的能耗,也增加了污水处理运行成本。研究结果表明,MLSS中的含磷量随污泥负荷的降低将大幅度下降。生物除磷需要高的污泥负荷,而生物脱氮则需要低的污泥负荷,在A2/ O工艺中要使二者同时达到最佳状态是困难的,一般是以生物脱氮为主,生物除磷为辅。为了解决A2/O法回流污泥中硝酸盐对厌氧放磷的影响,可采取将回流污泥进行两次回流,或进水分两点进入等措施。于是产生了改良型A2/ O、倒置A2/ O 和UCT等工艺。