MEGA can be used with either a grap

MEGA can be used with either a graphical user interface (useful for visual exploration of data and results) or a command-line interface (useful for batch or scripted execution).The graphical user interface (GUI) is run in one of two modes. The first mode is the Analyze mode in which all GUI tools in MEGA are enabled and visual results explorers are available for tasks such as editing sequence alignments and viewing phylogenies. This is the mode that most MEGA users are familiar with. The second mode is the Prototype mode which is used solely for generating MEGA Analysis Options (.mao) files that specify analysis settings when using MEGA from a command shellThe command-line interface of MEGA is accessed by opening a command shell and executing the megacc command. The megacc command requires several options, including the path to a .mao file and paths to input data file(s) to be analyzed

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MEGA 可以与图形用户界面（适用于数据和结果的可视化探索）或命令行界面（适用于批处理或脚本执行）一起使用。 图形用户界面 (GUI) 以两种模式之一运行。第一种模式是分析模式，其中启用 MEGA 中的所有 GUI 工具，并且可视化结果浏览器可用于编辑序列比对和查看系统发育等任务。这是大多数MEGA用户所熟悉的模式。第二种模式是原型模式，仅用于生成 MEGA 分析选项 (.mao) 文件，这些文件指定从命令 shell 使用 MEGA 时的分析设置 MEGA 的命令行界面可通过打开命令 shell 并执行 megacc 来访问命令。megacc 命令需要多个选项，包括 .mao 文件的路径和要分析的输入数据文件的路径

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MEGA可以与图形用户界面（对数据和结果的可视化探索有用）或命令行界面（对批处理或脚本执行有用）一起使用。 图形用户界面（GUI）以两种模式之一运行。第一种模式是分析模式，在该模式下，MEGA中的所有GUI工具都已启用，可视化结果浏览器可用于编辑序列比对和查看系统发育等任务。这是大多数MEGA用户所熟悉的模式。第二种模式是Prototype模式，它仅用于生成MEGA分析选项（.mao）文件，这些文件在从命令行外壳使用MEGA时指定分析设置 MEGA的命令行界面是通过打开命令shell并执行megacc命令来访问的。megacc命令需要几个选项，包括.mao文件的路径和要分析的输入数据文件的路径

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MEGA可以与图形用户界面(用于数据和结果的可视化探索)或命令行界面(用于批处理或脚本执行)一起使用。 图形用户界面(GUI)以两种模式之一运行。第一种模式是分析模式，在这种模式下，MEGA中的所有GUI工具都被启用，并且可视化结果浏览器可用于诸如编辑序列比对和查看系统发育等任务。这是大多数超级用户熟悉的模式。第二种模式是原型模式，仅用于生成大量分析选项。mao)文件，这些文件指定从命令外壳使用MEGA时的分析设置 MEGA的命令行界面是通过打开命令shell并执行megacc命令来访问的。megacc命令需要几个选项，包括. mao文件的路径和要分析的输入数据文件的路径

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