עם זאת, אי אפשר להזניח את האופטימיזציה של הניהול הפנימי של החברה, שילוב רציונלי של משאבים שונים והשימוש היעיל בתוכנת ERP כדי להגדיל את רמת הפעילות העסקית. דרך חשובה להגדיל את רמת הניהול בחברה היא למצוא ולפתור בעיות בשימוש ב- ERP בחברה. מאמר זה מנצל את הצורך ב- ERP לחפש בעיות יישום ודן בנושאים אלו בפירוט ומציע אמצעי נגד, כמו בחירת סוג ERP המתאים ומיטוב התהליכים העסקיים של החברה.