ผู้บริหารโรงเรียนขนาดเล็กส่วนใหญ่มีข้อจำกัดในการบริหารจัดการโรงเรียน เนื่องจากมักเป็นผู้บริหารที่เข้าสู่ตำแหน่งใหม่และไม่มีประสบการณ์ การบริหารท่ามกลางปัญหาความขาดแคลนบุคลากร สื่อวัสดุอุปกรณ์ อาคารสถานที่ นักเรียนส่วนใหญ่มีฐานะยากจน มีปัญหาด้านการเดินทางมาเรียน รวมทั้งโรงเรียนหลายแห่งอยู่ในชุมชนที่ยากจน ไม่มีศักยภาพพอที่จะสนับสนุนโรงเรียน จึงเป็นสภาวการณ์ที่ท้าทายและหนักสำหรับผู้บริหาร ซึ่งผู้บริหารโรงเรียนขนาดเล็กส่วนใหญ่เมื่อปฏิบัติหน้าที่ไปได้ช่วงเวลาหนึ่งมักขอย้ายไปทำงานในโรงเรียนที่มีขนาดใหญ่กว่าหรือพร้อมกว่า