Mainly due to their economic import

Mainly due to their economic importance, genomes of 10 legumes, includingsoybean, wild peanuts, barrel medic, etc, have been sequenced. However, afamily-level comparative genomics analysis has been unavailable. With grape andselected legume genomes as outgroups, we managed to perform a hierarchical andevent-related alignment of these genomes and deconvoluted layers of homologousregions produced by ancestral polyploidizations or speciations. Consequently, weillustrated genomic fractionation characterized by wide-spread gene losses after thepolyploidizations. Notably, high similarity in gene retention between recentlyduplicated chromosomes in soybean supported a likely autopolypoidy nature of itstetraploid ancestor. Moreover, though most gene losses were nearly random,largely but not fully described by geometric distribution, we showed thatpolyploidization contributed divergently to copy number variation of importantgene families. Besides, we showed significantly divergent evolutionary levelsamong legumes, and by performing Ks correction, re-dated major evolutionaryevents during their expansion. The present effort laid a solid foundation for furthergenomics exploration in the legume research community and beyond. Wedescribed only a tiny fraction of legume comparative genomics analysis that weperformed, and more information was stored in the newly constructed LegumeComparative Genomics Research Platform (www.legumegrp.org).

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结果 (简体中文) 1: [复制]

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主要由于其经济重要性，已对10个豆科植物的基因组进行了测序，包括大豆，野生花生，桶状军医等。但是，还没有 家庭水平的比较基因组学分析。以葡萄和选定的豆科植物基因组为外群，我们设法对这些基因组和祖先多倍体化或物种形成产生的同源区域的去卷积层进行了分层和事件相关的比对。因此，我们举例说明了以多倍体化后广泛分布的基因损失为特征的基因组分级分离。值得注意的是， 大豆中最近复制的染色体之间基因保留的高度相似性支持了其四倍体祖先的自体多态性。而且，尽管大多数基因损失几乎都是随机的， 在很大程度上但没有完全用几何分布描述，我们发现 多倍体化对重要基因家族的拷贝数变异起着不同的作用。此外，我们在豆科植物中表现出明显不同的进化水平，并且通过进行Ks校正，在其扩展过程中重新记录了主要的进化事件。目前的努力为豆类研究界及其他领域的进一步基因组学探索奠定了坚实的基础。我们 仅描述了进行的豆科植物比较基因组学分析的一小部分，并且更多信息存储在新构建的LegumeComparative Genomics Research Platform（www.legumegrp.org）中。

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主要是因为它们的经济重要性，已经测序了10种豆类的基因组，包括大豆、野生花生、桶药等。但是， 家族级比较基因组学分析一直不可用。以葡萄和选择豆类基因组作为外体，我们成功地执行这些基因组的分层和与电子相关的对齐，并去曲解由祖传的多倍体化或物种产生的同源区层。因此，在细胞化后，以广泛基因损失为特征的基因组分馏。值得注意的是，最近基因保留的高相似性 大豆中重复的染色体支持其细胞性祖先的可能的自皮性。此外，虽然大多数基因损失几乎是随机的， 在很大程度上，但不完全描述几何分布，我们表明， 多倍体化对重要基因家族复制数量变化的贡献不同。此外，我们显示出显著差异的进化水平，豆类，通过执行Ks校正，在它们的扩张中重新日期的主要进化事件。目前的努力为在豆类研究界及以后的进一步探索奠定了坚实的基础。我们 只描述了我们执行的豆类比较基因组分析的一小部分，更多的信息存储在新建的豆类研究平台（www.legumegrp.org）。

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结果 (简体中文) 3:[复制]

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主要考虑到其经济价值，对大豆、野生花生、桶装药等10种豆类植物的基因组进行了测序。但是，一个 家族水平的比较基因组学分析一直不可用。以葡萄和选定的豆类基因组为外群，我们成功地对这些基因组进行了等级和事件相关的比对，并对祖先多倍体化或物种形成产生的同源区域层进行了反褶积。因此，weillustrated基因组分馏的特点是广泛的基因损失后多倍化。值得注意的是，最近 大豆的重复染色体支持其四倍体祖先可能具有自交多性。此外，尽管大多数基因丢失几乎是随机的， 基本上，但不是完全由几何分布来描述，我们证明 多倍体化对重要基因家族的拷贝数变异有不同程度的贡献。此外，我们还显示出显著差异的进化水平，并通过Ks校正，重新确定了扩展过程中的主要进化事件。本研究为进一步深入研究豆科植物研究领域奠定了坚实的基础。我们 描述了我们进行的豆科比较基因组学分析的一小部分，更多的信息被储存在新构建的豆科比较基因组学研究平台中(www.legumegrp.org).

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