琵琶湖の水環境汚染は20世紀の60年代の初めから始まって、経済が急速に発展することに従って、公害事件はしきりに出して、水の汚染の問題は激化する。1960年から破壊・汚染された水環境の積極的総合開発・管理を実施する。近年、さまざまな学者が日本の琵琶湖の水生態環境を研究し続けている。山田一裕は「環境教育における水質汚濁浄化にるする調査」(2010) を発行し、環境教育の観点から、「生活と水」関連の教科書の学習状況を考察し、水質汚濁の防止だけでなく、インスピレーションを論じた環境教育の重要性と環境技術と科学の正しい理解はますます重要になっている。岡本高宏等は、「陸域一湖内流動-湖内生態系を結合した琵琶湖流域水物質循環モデルの構築とその検証」(2011) という論文に、陸域における水物質循環の物理的過程を考慮した分布型モデルと、湖内流動.生態系を考慮した3次元モデルを結合した湖沼流域水物質循環モデルを構築し,これを琵琶湖流域に適用した。この計算結果について、河川流量や水質.湖内水質等の観測値を用いて検証を行うと共に、陸域-湖沼結合水物質循環モデルの役割と課題について考察した。井手慎司等は「琵琶湖の今後の汚濁負荷対策に関する研究者間の意見分布の把握」 (2014)で,アンケート調査によって、琵琶湖における今後の汚濁負荷対策に関する研究者間の意見分布とその構造を把握することを試みた。その結果、研究者の多くが点源負荷対策より面源負荷対策を重要視していること、その一方で、費用対効果の観点から評価が分かれるのも面源負荷対策であること、また値を「より減少させるべき」とする回答割合は有機汚濁指標(COD,BOD,TOC)よりも富栄養化指標(T-N,T-P)の方が高いこと、ただし、T-Pに関しては値を「より増加させるべき」と考える研究者も少数ながら存在することなどが明らかになった。