La mise en place d'un système de contrôle interne doit investir certaines main-d'œuvre et certaines ressources matérielles. Plus le coût est élevé, plus l'effet du contrôle interne est grand. Selon le principe de gestion coûts-avantages, lorsque le coût est supérieur à l'avantage produit, les entreprises peuvent renoncer aux mesures de contrôle correspondantes, ne peuvent pas contrôler efficacement certaines fraudes déraisonnables, voire frauduleuses.