Biyokimyasal süreçte, problemleri incelemek ve bunlarla başa çıkmak için temel ilkeleri kullanırken, biyolojik sistemlerde partikül sayısı genellikle çok yüksek olduğundan, büyük taş problemi vardır. Ayrıca, biyokimyasal süreç için çevreden daha fazla talep edilen birçok dış koşul vardır, ancak gerçek çevre çok tatmin edici değildir ve birçok kirlilik içerir. Sonuç olarak, çevreden etkilenmesi muhtemeldir, bu nedenle biyokimyasal süreci gerçekleştirirken çevresel faktörleri dikkate almamız gerektiğini varsayalım.