Biologinen käsittely on eräänlainen jätevedenkäsittelymenetelmä, jossa luonnollisessa ympäristössä käytetään mikro-organismeja orgaanisen aineen ja joidenkin epäorgaanisten myrkyllisten aineiden hapettamiseksi ja hajottamiseksi jätevedessä ja niiden muuttamiseksi stabiiliksi ja vaarattomaksi epäorgaaniseksi aineeksi.