Beim Einschalten liest das FPGA die Programmdaten im externen Speicher in den On-Chip-RAM, um die entsprechende Konfiguration abzuschließen, und dann tritt der Chip in den Arbeitszustand ein. Die Logik im FPGA verschwindet. Trotz der Unzulänglichkeiten, bei ausgeschaltetem Gerät flüchtig zu sein, können FPGAs wiederholt programmiert und verwendet werden, ohne dass ein dedizierter FPGA-Programmierer erforderlich ist.