本発明において、用語「培養物」とは、前記の菌株を培養した後に得られた産物を意味し、培養された菌株を含んだり、培養された菌株が削除された形態のいずれをも含む。前記ダプトマイシンを生産するように培養された菌株の培養物をダプトマイシンの分離精製に用いられる通常の方法に適用してダプトマイシンを得ることができ、このような方法の例として分別結晶化、精密ろ過、逆浸透、LPLC(Low Pressure Liquid chromatography)、HPLC(High Pressure Liquid chromatography)、FPLC(Fast Protein Liquid chromatography)、イオン交換クロマトグラフィー(Ion-exchange chromatography)、ゲル濾過(Gel filtration)、逆相クロマトグラフィー(Reverse-phase chromatography)、疎水性クロマトグラフィー(Hydrophobic chromatography)、またはこれらを組み合わせた方法を適用することができるが、ダプトマイシンを分離精製することができる方法であれば、これに限定されるものではない。