Of several ALH-driven QS found in d

Of several ALH-driven QS found in different organisms such as P. aeruginosa, P. putida, Chromobacterium violaceum, Escherichia coli, Proteus mirabilis, Serratia marcescens, Agrobacterium tumefaciens, Erwinia carotovora and Yersinia enterocolitica, the LasR-induced activation is most widely studied and can be considered as model pathway to study this type of QS [3]. However, till date no LuxR-mediated QS inhibition by QSI is reported in bioluminescent Vibrio. LasR and LuxR possess great deal of similarity, of which, one being the most widely studied and the latter to be least studied for QSI, both these proteins were accessed for QUI assessment under present study. LasR crystal structure is also available whilst that of LuxR is not available; therefore, building the 3D structure using homology modelling was imperative. Choosing the correct 3D template for LuxR structure building becomes a vital step. Nasser and Reverchon [6] have vividly described the family of Lux-like proteins involved in QS mechanism from different microbes and concluded that LuxR protein sequence showed maximum homology with TraR from A. tumefaciens. The crystallized 3D structure is available in PDB and the structure with PDB ID 2q0o was used to build the LuxR model. To analyse the quality of the model build, QMEAN4 and QMEANDisCo, ERRAT and Ramachandran plot were analysed using MolProbity. The results obtained showed the quality of the model built was at par with the parameters for homology modelling published so far [24].

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在由诸如铜绿假单胞菌，恶臭假单胞菌，Violaceum紫杆菌，大肠埃希氏菌，奇异变形杆菌，粘质沙雷氏菌，根癌农杆菌，胡萝卜软腐欧文氏菌和小肠结肠炎耶尔森氏菌等不同生物中发现的几种ALH驱动的QS中，对LasR诱导的激活作用的研究最为广泛可以作为研究这类QS的模型途径[3]。然而，迄今为止，在生物发光弧菌中还没有报道过QSI的LuxR介导的QS抑制作用。LasR和LuxR具有很大的相似性，其中一个是QSI研究最广泛的，另一个是QSI研究最少的，在本研究中，这两种蛋白质均已进行QUI评估。也可以使用LasR晶体结构，而不能使用LuxR。因此，必须使用同源性建模来构建3D结构。为LuxR结构构建选择正确的3D模板成为至关重要的一步。Nasser和Reverchon [6]生动地描述了来自不同微生物的QS机制中涉及的Lux样蛋白家族，并得出结论LuxR蛋白序列与根癌农杆菌的TraR具有最大的同源性。PDB中提供了结晶的3D结构，并使用具有PDB ID 2q0o的结构来构建LuxR模型。为了分析模型构建的质量，使用MolProbity分析了QMEAN4和QMEANDisCo，ERRAT和Ramachandran图。获得的结果表明，所建立模型的质量与迄今为止发布的同源性建模参数[24]相当。Nasser和Reverchon [6]生动地描述了来自不同微生物的QS机制中涉及的Lux样蛋白家族，并得出结论LuxR蛋白序列与根癌农杆菌的TraR具有最大的同源性。PDB中提供了结晶的3D结构，并使用具有PDB ID 2q0o的结构来构建LuxR模型。为了分析模型构建的质量，使用MolProbity分析了QMEAN4和QMEANDisCo，ERRAT和Ramachandran图。获得的结果表明，所建立模型的质量与迄今为止发布的同源性建模参数[24]相当。Nasser和Reverchon [6]生动地描述了来自不同微生物的QS机制中涉及的Lux样蛋白家族，并得出结论LuxR蛋白序列与根癌农杆菌的TraR具有最大的同源性。PDB中提供了结晶的3D结构，并使用具有PDB ID 2q0o的结构来构建LuxR模型。为了分析模型构建的质量，使用MolProbity分析了QMEAN4和QMEANDisCo，ERRAT和Ramachandran图。获得的结果表明，所建立模型的质量与迄今为止发布的同源性建模参数[24]相当。为了分析模型构建的质量，使用MolProbity分析了QMEAN4和QMEANDisCo，ERRAT和Ramachandran图。获得的结果表明，所建立模型的质量与迄今为止发布的同源性建模参数[24]相当。为了分析模型构建的质量，使用MolProbity分析了QMEAN4和QMEANDisCo，ERRAT和Ramachandran图。获得的结果表明，所建立模型的质量与迄今为止发布的同源性建模参数[24]相当。

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在不同生物体（如P）中发现的几种ALH驱动QS中。 aeruginosa， P. putida，色谱菌中膜，大肠杆菌，普罗特乌斯米拉比里斯，塞拉蒂亚马切森，阿格罗菌乳酸，埃尔维尼亚胡萝卜素和叶尔西尼亚肠肠原体， LasR诱导激活是最广泛的研究，可以被认为是模型途径，研究这种类型的QS [3].然而，直到日期没有卢克斯R介导的QS抑制QSI报告在生物发光Vibrio。LasR和LuxR具有很强的相似性，其中一种是研究最广泛的，后者是QSI研究最少的，根据本研究，这两种蛋白质都用于QUI评估。LasR 晶体结构也可用，而 LuxR 的晶体结构不可用;因此，使用同源建模构建 3D 结构势在必行。为 LuxR 结构构建选择正确的 3D 模板成为重要的一步。纳赛尔和雷弗琼[6]从不同的微生物生动地描述了与QS机制中涉及的Lux样蛋白家族，并得出结论，LuxR蛋白序列显示了与来自A.tumefaciens的TraR的最大同源性。结晶的 3D 结构在 PDB 中可用，使用 PDB ID 2q0o 的结构构建 LuxR 模型。为了分析模型构建的质量，使用 Molprobity 分析了 QMEAN4 和 QMEANDisCo、ERRAT 和 Ramachandran 绘图。所得结果表明，所构建的模型质量与迄今公布的同源建模参数一视之于一，[24]。

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在铜绿假单胞菌、恶臭假单胞菌、紫色素杆菌、大肠杆菌、奇异变形杆菌、粘质沙雷氏菌、根癌农杆菌、胡萝卜欧文氏菌和小肠结肠炎耶尔森菌等不同生物中发现的几种由ALH驱动的Q中，LasR诱导的激活是目前研究最为广泛的，可以作为研究这类QS的模型途径[3]。然而，到目前为止，在生物发光弧菌中还没有发现LuxR介导的QSI对QS的抑制作用。LasR和LuxR具有许多相似性，其中一个是研究最广泛的，另一个是QSI研究最少的，在本研究中这两种蛋白都被用于QUI评估。LasR晶体结构也可用，而LuxR晶体结构则不可用；因此，使用同源模型构建3D结构势在必行。选择正确的三维模板是构建LuxR结构的关键步骤。Nasser和Reverchon[6]生动地描述了不同微生物参与QS机制的Lux样蛋白家族，并得出LuxR蛋白序列与肿瘤A.tumefaciens的TraR具有最大的同源性。PDB中有结晶的三维结构，采用PDB-ID为2q0o的结构建立LuxR模型。为了分析模型建立的质量，用摩尔概率分析了QMEAN4和QMEANDisCo、ERRAT和Ramachandran图。结果表明，所建模型的质量与迄今为止发表的同源性建模参数一致[24]。<br>

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