A mitocôndria mostra várias semelhanças com bactérias: possui o mesmo tamanho, contém DNA circular, é capaz de duplicá-lo e produzir proteínas. Além disso, existem bactérias que respiram como a mitocôndria. É provável que as células eucariotas atuais tenham englobado uma bactéria aeróbica e por algum motivo não a digerido. Assim, foram capazes de sobreviver em um mundo que ficava cada vez mais rico emoxigênio.