Il collegamento di controllo coinvolge principalmente algoritmi di decodifica neurale, che convertono i segnali di attività di neuroni/gruppi in segnali riconoscibili da dispositivi esterni. Attraverso vari algoritmi multivariati lineari e non lineari, come l'analisi discriminante, la regressione lineare multivariata e vari metodi di apprendimento automatico, i dati neuralmente integrati per l'analisi in tempo reale o offline.